Peter, Walter, Olivia und Broyles gehen einem seltsamen Vorfall in Philadelphia nach: In einem Zug explodierte eine Bombe, es gab jedoch keinerlei Rückstände explosiver Stoffe. Aufgrund dieses unerklärlichen Vorfalls kommt Walter zurück ins Labor. Er untersucht die Überreste der Verstorbenen, wo ihm eigenartige Energiequellen unterkommen, welche die Explosion ausgelöst haben können. Es gibt Drohungen zu weiteren Bomben und Verknüpfungen zu einem geheimen Militärprojekt, welches Olivia und Peter in den Irak führt.