Überall auf der Welt geschehen unerklärliche Dinge, die vom Fringe Team als „das Schema“ (engl. The Pattern) bezeichnet werden. Olivia, Peter und Walter sind die leitenden Ermittler und versuchen alles, um die Quelle dieser unfassbaren Ereignisse zu finden. In Verbindung mit diesem Schema wird immer wieder das Unternehmen „Massive Dynamic“ – ein weltweit vertretenes Forschungsunternehmen, das Patente auf zahlreiche wichtige Technologien hat- gebracht. Nach und nach findet das Team heraus, dass die Bioterrorismus-Zelle ZFT (Zerstörung durch Fortschritt der Technologie) für viele dieser außergewöhnlichen Fälle verantwortlich ist. Beide Parteien verbindet eine Droge namens Cortexiphan, die von Walter und seinem damaligen Partner William Bell entwickelt wurde um Olivia und viele andere Kinder zu Soldaten der Zukunft zu machen.