Staffel 2 konzentriert sich großteils auf das Alternativuniversum. Es wird bewiesen, dass Peter von unserem Universum als Kind an einer schweren Krankheit starb und Walter, der bereits von einem Paralleluniversum wusste, in die andere Welt übertrat um seinen Sohn, der auch auf der anderen Seite an dieser schweren Krankheit litt, zu retten. Als nicht alles nach Plan läuft, ist er gezwungen, den Jungen mit in „unsere Welt“ zu nehmen. Diese Überquerung hat zur Folge, dass beide Welten aus dem Gleichgewicht geraten und so genannte Soft Spots entstanden sind, die auf beiden Seiten gefährliche Eigenartigkeiten mit sich bringen.